Ebertshausen wurde erstmals 803 als Eburiseshusen erwähnt. Unter Fürstbischof Julius Echter wird es 1587 zur selbstständigen Pfarrei mit den Filialen Reichmannshausen und Hesselbach (bis ins 18. Jahrhundert) und der Filiale Ballingshausen (bis ins 20. Jahrhundert). Zuvor hatte es lange Zeit zu Maßbach gehört. Seit 2005 ist Ebertshausen Teil der Pfarreiengemeinschaft Schweinfurter Rhön, seit 2022 gehört es zum pastoralen Raum Schweinfurter Oberland.
Der Chor der Pfarrkirche St. Margareta stammt aus dem 16. Jahrhundert. Der Kirchenbau ist im nachgotischen Stil errichtet. Der Hochaltar im Stil des Rokoko stammt aus dem Jahr 1750 und zeigt die Kirchenpatronin in einem Gemälde aus dem 19. Jahrhundert. Die beiden Seitenaltäre wurden 1796 und zeigen Maria und Josef.
Mit den 2008 abgeschlossenen Renovierungsarbeiten erhielt die Kirche eine neue Orgel, den Ambo und den neuen Altar.
